Tonya Pekar Second, Justin Blethrow, Jae C. Schwartz, Vlad Zabrouskov, Thermo Fisher Scientific, San Jose, CA
關鍵詞：
LTQ Velos 線性離子阱，蛋白質學，蛋白鑒定，肽測序、靈敏度、蛋白質組發現者
引言：
對于一個蛋白質組全面的了解是研究動態蛋白質組的基礎。蛋白質的鑒定是需要有效、穩定可靠的方法。串聯質譜尤其是線性離子阱和基于阱的雜交質譜儀日益成為肽段和蛋白質鑒定的首選。選擇此類儀器的主要原因在于該類儀器具有良好的穩定性、重現性、易用性以及良好的一級和二級譜圖質量。
在一個蛋白質組體系里，經常會存在一些低豐度不易被質譜儀鑒定到的蛋白，其中某些蛋白還會存在一些動態修飾，就更難被儀器檢測到。因此，需要發展更先進靈敏度更高的一切來應對復雜蛋白質組蛋白鑒定的需求。
本篇應用論文主要介紹了用新型雙壓線性離子阱質譜儀分析復雜、Caenorbabditis elgans(C.elegans)的肽段混合物。比較了新型雙壓線性離子阱質譜儀與線性離子阱和廣泛應用的四級桿-飛行時間質譜儀的性能。
儀器創新
在本篇文章主要測試Thermo Scientific 的LTQ Velos離子阱質譜儀。它包括了一個新型雙壓線性離子阱和高壓環形離子導入裝置（S-Lens），如圖1所示。
S-lens的射頻顯著提高了離子注入到質譜儀中，這降低了在線性離子阱中離子累積所需要的時間。
雙壓阱的第一個池的壓力比以前線性離子阱的壓力要高，大約在5×10-3Torr，這能夠顯著提高目標離子的捕獲效率、分離效率和碎裂效率。提高的分離效率顯著降低了前體離子所需要的時間，所需時間是從前的四分之一。LTQ
Velos離子阱對于在有高豐度干擾離子背景下低豐度前體離子具有較好的選擇性，提高了二級質譜分析的動態范圍。高壓也縮短了碰撞誘導解離所需的時間的67%，同時保持了同樣的碎裂效率。第二個池保持較低的壓力，大約在4×10-4Torr，可以以較高的分辨率進行快速質量分析。
高捕獲效率
高裂解效率
高分離效率
5 × 10-3 氦氣
高分辨率、掃描速度
3.5 × 10-4 氦氣
圖一 LTQ Velos 質譜儀 ，高壓環形離子導入裝置（ S-Lens ）和 新型雙壓線性離子阱（不同壓力控制）
與新型雙壓線性離子阱協力合作，在典型的數據依賴模式的串聯質譜實驗中，在阱里一種新型控制離子累積的方法能顯著提高實際的掃描速率。這個功能叫做“預測 AGC ”，去除了每一次串聯質譜掃描所做的預掃，基于離子流出和前一次一級質譜全掃描的母離子的相對強度，預測了離子累積所需要的時間。
實驗
樣品制備
C.elgans 勻漿液的可溶性部分用 pH7.8 的碳酸氫銨稀釋，加入 0.1% 的 RapiGest 表面活性劑，解釋用二硫蘇糖醇在 100 ℃ 還原二硫鍵，并用碘乙酰胺對半胱氨酸烷基化。樣品解釋用對 K/R 特異性酶酶切 4 個小時。酶解物質酸化后存放至 -80 ℃ 。在進入反相高效液相色譜 - 串聯質譜前用 0.1% 的甲酸稀釋。