有性生殖是如何起源的（即為什么有性）?這樣一個看似簡單的問題不僅令達爾文困惑不已，150年過去了, 人們都還未找到一個普遍認可的理論, 這也被稱為是進化生物學問題之皇后“ queen of problems in evolutionary biology” (Bell, 1982)。法國著名的遺傳學家、諾貝爾生理學或醫學獎(1965年)獲獎者Jacob (1998)在其專著《鼠、蠅、人與遺傳學》一書中感嘆道: “ 在通過有性方式來進行生殖的生物中, 一切都被安排得要使同一物種的全部個體(除了真正的孿生個體)都互有差異。這就猶如整個地球上起作用的遺傳系統已被調節得要永遠產生差異。因此就有了這個悖論: 一方面, 所有顯得十分不同的東西, 歸根結底卻是很相似; 另一方面, 所有顯得十分相似的東西, 事實上卻是相當不同” 。《為什么要相信達爾文》一書的作者Coyne (2009)感嘆道: “ 為什么會演化出性別來?這其實是演化論最大的謎團之一” 。
有性生殖發生的直接證據，最早見于澳大利亞中部的苦泉燧石中，在這里發現了植物減數分裂產生的四分孢子的化石。巖石的年齡約為10億年，估計有性生殖實際出現還要早些，約在真核生物產生后不久。從動、植物生殖細胞的形成過程中均有復雜的減數分裂來看，有性生殖應起源于動、植物分化前，但這還只是一種推測。
而關于性是如何起源的更是知之甚少，從細胞遺傳學的角度，人們提出了共生起源學說、細胞分裂誤記說和DNA糾錯說等（德迪夫1999，洛耶 2004，威廉斯2008）。謝平（2013）認為，在很多動植物中，“性”往往與休眠現象聯系在一起，產生后壁孢子、種子或休眠卵，因此提出了有性生殖的休眠起源說(accident dormancy hypothesis)，但分子機制有待進一步揭示。從分子遺傳學的角度來說, “性”一點都不神秘, 就是將兩個個體的基因組拼在一起而已, 藉此種族多樣的遺傳信息分散到了個體之中；而從生態的角度來看, “性”的原始動機就是與休眠事件的偶聯。