1采樣結束后應盡快將樣品檢驗或送往留樣室，需要復檢的應送往實驗室。
2疑似急性細菌性食物中毒樣品應無菌采樣后立即送檢，一般不超過四小時；氣溫高時應將備檢樣品置冷藏設備內冷藏運送，不得加入防腐劑。
3 需要冷藏的食品，應采用冷藏設備在0℃～5℃冷藏運輸和保存，不具備冷藏條件時，食品可放在常溫冷暗處，樣品保存一般不超過36h。（微生物項目常溫不得超過4h）
4采集的冷凍和易腐食品，應置冰箱或在包裝容器內加適量的冷卻劑或冷凍劑保存和運送，為保證途中樣品不升溫或不融化，必要時可于途中補加冷卻劑或冷凍劑。
5食品標簽標明存放、運輸條件的食品，采集的樣品存放、運輸條件要與之相符，如酸奶標識說明要冷藏，樣品的運送及復檢樣品的保存都要做到冷藏。
6需做微生物檢測的樣品，保存和運送的原則是應保證樣品中微生物狀態不發生變化。微生物檢測用的樣本及不能冷藏保存的樣本原則上不復檢、不留樣。采用快速檢測方法檢測出的超標樣品，應隨即采用國標方法進行確認。檢測不合格的樣品，要及時通知被采樣單位和生產企業。 處理樣品時，禁止將有毒有害液體樣本直接倒入下水道。
7采集的樣品注意應在保質期內，盡量抽取保質期于3個月以上的產品（保質期限不足3個月的除外）。留樣和需要確證的樣品，按產品說明書要求存放，期限為檢測結果出示后三個月。對餐飲業要求涼菜48h留樣。
8 樣本保存要保持樣本原有狀態，樣本應盡量從原包裝中采集，不要從已開啟的包裝內采集。從散裝或大包裝內采集的樣本如果是干燥的，應保存在干燥清潔的容器內，不要同有異味的樣本一同保存。
9根據檢驗樣本的性狀及檢驗的目的不同而選擇不同的容器保存樣本，一個容器裝量不可過多，尤其液態樣本不可超過容量的80%，以防凍結時容器破裂。裝入樣本后必須加蓋，然后用膠布或封箱膠帶固封，如是液態樣本，在膠布或封箱膠帶外還須用融化的石蠟加封，以防液體外泄。如果選用塑料袋，則應用兩層袋，分別封口，防止液體流出。
10特殊樣本要在現場進行處理，如作霉菌檢驗的樣本，要保持濕潤，可放在1%甲醛溶液中保存，也可儲存在5%乙醇溶液或稀乙酸溶液里。