核糖體RNA在各種生物中都有其特性，因此可以從不同生物的rRNA的對比中得出關于生物進化歷程的結論。
rRNA為肽酰轉移酶（peptidyl transferase）時，催化使肽鍵形成，不需要額外的能量。
過去認為，大亞基的蛋白質具有酶的活性，促使肽鍵形成，故稱為轉肽酶。20世紀90年代初，H.F.Noller等證明大腸桿菌的23SrRNA能夠催化肽鍵的形成，才證明核糖體是一種核酶，從而根本改變了傳統的觀點。核糖體催化肽鍵合成的是rRNA，蛋白質只是維持rRNA構象，起輔助的作用。
