實驗室檢查包括直接鏡檢法和培養法，病理學方法，血清學方法和分子生物學方法等。
1.直接鏡檢
根據感染累及的部位不同采取不同標本，制作氫氧化鉀濕推片，或涂片革蘭染色置顯微鏡下檢查，陽性者可見大量的球狀出芽酵母菌型和假菌絲存在，有診斷價值。
2.真菌培養
涂片檢查陰性的患者，可進行念珠菌培養。培養檢查法可進一步提高病原體檢出的陽性率，驗證直接鏡檢的結果，同時確定致病菌的種類。
3.組織病理
懷疑有念珠菌食管炎的患者，則不僅應做內鏡刷取標本檢查，同時應做活檢,以進一步從組織病理學查找念珠菌侵襲黏膜的證據。
深部念珠菌的組織反應不具特征性。一般呈急性化膿或壞死，可有多個膿腫或微小膿腫，內含大量中性粒細胞、假菌絲和芽胞。組織中的假菌絲和芽胞是深部念珠菌病的確診證據。
4.G試驗和GH試驗
采集患者標本做1，3-β-D葡聚糖試驗（G試驗）和半乳甘露聚糖試驗（GH試驗）。可用于血液系統惡性腫瘤患者深部真菌感染和真菌血癥的診斷，但接合菌和隱球菌除外。檢測標本為血液、支氣管肺管肺灌洗液和腦脊液。血清學檢測敏感性和特異性均達到80%以上。但血清學診斷假陽性、假陰性結果普遍存在，故不能僅憑血清學試驗結果作為確診的依據。
5.免疫學檢測
用免疫雙擴法或膠乳凝法可檢出白色念珠菌抗體。利用ELISA或AB-ELISA法測定血清念珠菌多糖抗原對于部分系統性和播散性念珠菌病的診斷更及時、準確。