植物生物反應器是生物反應器研究領域中的一大類，是指通過基因工程途徑，以常見的農作物作為化學工廠，通過大規模種植生產具有高經濟附加值的醫用蛋白、工農業用酶、特殊碳水化合物、生物可降解塑料、脂類及其他一些次生代謝產物等生物制劑的方法。
植物生物反應器就是利用植物這個系統，包括植物細胞、組織器官以及整株植物為工廠，來生產具有商業價值的生物制品，包括疫苗、抗體、YY蛋白等，許多研究證實植物系統具有表達活性哺乳動物蛋白的能力，在產品質量、成本和安全方面已顯現出優勢，并很快得到科學家和生物制藥業的認可。
