一般來說囊型包蟲病的病程緩慢，潛伏期1～30年。多數病人常常沒有明顯的癥狀，在體檢或因其他疾病手術時發現，一些病人是在 死后進行尸檢時發現。隨著囊腫的逐漸長大，寄生部位的占位性壓迫癥狀以及全身毒性癥狀逐漸明顯。臨床上根據棘球蚴所寄生的臟器，而命名為相 應的包蟲病。
1、肝包蟲病 是臨床上最常見的一種棘球蚴病，其次是肺包蟲病。
(1)癥狀: 包蟲囊壓迫鄰近組織或牽拉肝臟，可引起患者肝區疼痛，墜脹不適，上腹飽滿、食欲減退。 巨大肝包蟲囊腫可使橫膈抬高，活動受限，甚至出 呼吸困難。壓迫膽總管可引起阻塞性黃疸。
(2)體征：包蟲囊多位于肝臟右葉，近肝表面。 體檢時可發現右上腹或上腹部無痛性腫塊，與肝臟相連。表面光滑，質地堅韌，有時可捫及波動感。肝包蟲嚢向下生長，壓迫肝門區膽總管與門靜脈，可引起阻塞性黃疸，門脈髙壓，甚至出現腹水。肝臟頂部包蟲囊向上生長，引起膈肌升高，向胸腔突起。
2、肺包蟲病 感染早期往往無明顯癥狀，常經體檢透視而發現。囊腫長大壓迫肺組織與支氣管，患者可出現胸痛、咳嗽、血痰、氣急，甚至呼吸困難。肺部棘球蚴囊破裂，可突然咳出大量淸水樣 液或粉皮樣內囊碎片和子囊。臨床表現為陣發性嗆咳，呼吸困難。可伴有過敏反應，甚至休克。若大血管破裂，可出現大咯血。
3、腦包蟲病 發病率較低，主要見于兒童。好發于腦頂葉及額葉，小腦腦室及顱底部少見，亦可見于硬腦膜及顱骨間等處。臨床表現與一般占位性病 變相似，出現癍癎、顱內壓增高的癥狀，常被誤診為腫瘤。詢問病史及腦CT、腦磁共振等檢査，有助于 明確診斷。
4、骨包蟲病 較少見。棘球坳開始位于骨髓腔內，生長緩慢,繼而沿骨松質與骨孔蔓延，骨質破壞，引起病理性骨折。囊腫穿破骨皮質，侵入周圍軟組織，出現巨大包塊。若再向皮膚破潰，則形成長期不愈的瘺管，流出膿液和包蟲碎屑，并可繼發慢性化膿性骨髓炎。若累及關節，可引起病理性脫位。病變初期無明顯癥狀，隨著病情的發展，可出現疼痛、 麻木、肢體肌肉萎縮。脊椎、骶骨等處的囊腫可壓迫神經，產生神經壓迫的癥狀和體征，甚至截癱。
5、其他部位 眼包蟲病很少見，主要見于眼眶。也可寄生在腎、膀胱、輸尿管、前列腺、精索、卵巢、輸卵管、子宮和陰道等泌尿生殖器官。此外，心、脾、肌肉、胰腺等部位也有棘球蚴寄生的報道，其癥狀與良性腫瘤相似。