治療目的是控制癥狀，根除病原體，去除誘發因素，預防再發。
1、一般處理
（1）急性期需臥床休息，鼓勵患兒多飲水以增加尿量，女孩還應主要外陰部的清潔衛生。
（2）鼓勵患兒進食，供給足夠的熱卡、豐富的蛋白質和維生素，以增強機體的抵抗力。
（3）對癥治療：對高熱、頭痛、腰痛的患兒應給予解熱枕痛劑緩解癥狀，對尿路刺激癥狀明顯者，可用阿托品、山莨菪堿等抗膽堿藥物治療或口服碳酸氫納化尿液。以減輕尿路刺激癥狀。
2、抗菌藥物治療
選用抗生素的原則：
①感染部位：對腎盂腎炎應選擇血濃度高的藥物，對膀胱炎應選擇尿濃度高的藥物。
②感染途徑：對上行性感染人，首選磺胺類藥物治療。如發熱等全身癥狀明顯或屬血源性感染，多選用青霉素類、氨基糖甙類或頭孢菌素類單獨或聯合治療。
③根據尿培養及藥敏試驗結果，同時結合臨床療效選用抗生素。
④藥物在腎組織、尿液、血液中都應有較高的濃度。
⑤選用的藥物抗菌能力強，抗菌譜廣、最好能用強效殺菌劑，且不易使細菌產生耐藥菌株。
⑥對腎功能損害小的藥物。
（1）癥狀性UTI的治療：對單純性UTI，在進行尿細菌培養后，初治首選復方磺胺異惡唑（SMZCo），按SMZ 50mg/（kg.d），TMP 10mg/（kg.d）計算，分2次口服，連用7~10天。待尿細菌培養結果出來后藥敏試驗結果選用抗菌藥物。
對上尿路感染或有尿路畸形病兒，在進行細菌培養后一般選用兩種抗菌藥物。新生兒和嬰兒用氨芐西林75~100mg/（kg.d）靜注，加頭孢噻肟鈉50~100mg/（kg.d）靜注，連用10~14天，1歲后小兒用氨芐西林100~200mg/（kg.d）靜脈緩慢滴注。療程共10~14天。治療開始后應連續3天送尿細菌培養，若24小時后尿培養陰轉，表示所用藥物有效，否則按尿培養藥敏試驗結果調整用藥。停藥1周后再作尿培養一次。
（2）無癥狀菌尿的治療：單純無癥狀菌尿一般無需治療。但若合并尿路梗阻、VUR或存在其他尿路畸形，或既往感染使腎臟留有陳舊性疤痕者，則應積極選用上述抗菌藥物治療。療程7~14天，繼之給予小劑量抗菌藥物預防，直至尿路極性被矯治為止。
（3）再發UTI的治療：再發UTI無有兩種類型，即復發和再感染。復發是使原來感染的細菌未完全殺滅，在適宜的環境下細菌再度滋生繁殖，絕大多數患兒復發多在治療后1月內發生。再干是指上次感染已治愈，本次是由不同細菌或菌株再次引發UTI。再干多見于女孩。多在停藥物后6月內發生。
再發UTI的治療在進行尿戲劇培養后選用2種抗菌藥物治療，療程10—14天為宜，然后予以小劑量藥物維持，以防再發。
3、積極矯治尿路畸形
4、UTI的局部治療
常采用膀胱內藥液灌注治療，主要治療頑固性慢性膀胱炎經全身給藥治療無效者。