手術治療指征是非手術治療失敗的2期和3期肩峰下關節撞擊征患者。手術包括肩峰下減壓和肩袖修復兩部分，肩峰下減壓術是首選，它包括清理有炎癥的肩峰下滑囊，切除喙肩韌帶、肩峰的前下部分和肩鎖關節的骨贅甚或整個關節。切除肩鎖關節并非常規進行，只有當肩鎖關節有壓痛、肩鎖關節的骨贅被確定是撞擊征的部分病因時才具指征。如今，肩峰下間隙減壓手術可以由傳統的開放技術或Ellman的關節鏡技術完成。
Neer最早提出開放的肩峰下減壓術（open subacromial decompression，OSD），在他的研究中，療效滿意的標準是：術后患者無疼痛，患肩上舉活動受限少于20°，至少保留75%的肌力；手術指征是：術前經9個月以上非手術治療仍有臨床癥狀。結果，16例患者中15例療效較滿意，1例療效不滿意的患者歸因于并發肩鎖關節骨性關節病。
Rockwood等對Neer的肩峰下減壓術作了改良。手術操作分為2步：首先在額狀面沿鎖骨水平切除肩峰的前方突出部分，然后在矢狀面向后楔形鑿去肩峰的前下部分。這樣，肩峰的前后長度縮短，避免了Neer術后向前突起的殘余骨贅。根據Neer的標準，平均隨訪4年，87%（33/37）的病例療效評價為優良。
在Hawkins等的研究報道中，有108例不伴全層肩袖撕裂的肩峰下關節撞擊征患者行肩峰下減壓術治療。這組患者的術前平均病程為18個月，術后平均隨訪5年。根據Neer提出的標準，94例患者（87%）療效滿意；當排除了涉及勞工賠償要求（workers compensation claim）的35例患者后，滿意率上升到92%。Hawkins第一個提出勞工補償要求與術后效果負相關。
盡管大多數報道都表明Neer肩峰下減壓術的效果令人滿意，但也有一些研究報道了較高的失敗率。Sahistand等對52例患者隨訪11個月后發現，只有40例患者效果滿意，14例（27%）患者存在中到重度休息痛。21例（40%）患者有中到重度活動痛。
開放的肩峰下減壓術的并發癥相當少，包括肩峰骨折、術后殘留持續性疼痛以及術后肩關節僵硬、患肩無力、傷口感染及三角肌止點撕脫等。Odivie-Harris等分析了67例術后殘留疼痛超過2年的病例，關節鏡檢查提示其中27例（40%）為診斷錯誤，28例（42%）為術中有操作失誤，其余12例（18%）的診斷及操作無誤。
Ellman于1987年首先描述了關節鏡下減壓術（arthroscopic subacroial decompressino，ASD）。在他的研究中，平均病程29個月的49例患者隨訪17個月后43例（88%）效果滿意，6例效果較差，其中2例曾行開放的肩峰下減壓術，再行關節鏡術后仍有殘留痛，2例又行開放的減壓術而獲成功，2例伴有巨大型肩袖撕裂。ASD短期隨訪（2～5年）的結果令人滿意。Roye等依據UCLA評分在90例患者中隨訪41個月后得到了94%的優良率，其中34/56（62%）的投擲運動員重返賽場，但在投擲運動員中優良率只有79%。
Stephens等詳細報道了ASD長期隨訪的療效。82例患者平均隨訪8年后優良率均為81%；16例失敗（19%），其中13例（15%）經再手術疼痛得以緩解。其中的33例運動員由于疼痛和肌力下降而不能重返賽場。
鈥激光是近幾年興起的一項技術，與傳統的電凝、刨削技術比較，鈥激光手術后無關節粘連、腫脹，疼痛水平低，因此在6周內患者的活動范圍、外展力量優于傳統的關節鏡技術。鈥激光手術1年后患者的評分要明顯優于傳統手術組。
ASD的主要并發癥是切除的肩峰骨量少而使減壓不徹底。但Matthews等報道了ASD術后6例患者并發肩峰骨折，他的發現表明了關節鏡下對肩峰前下部準確定位的重要性。
Checroun等回顧了1970～1996年關于OSD和ASD的英文文獻，其中有34項研究共1935名患者符合以下標準：在同類期刊發表，材料及方法詳盡可靠，患者只經肩峰成形而未行肩袖修補術。分析結果表明：開放的和關節鏡下肩峰下間隙減壓術的客觀成功率分別是83.3%和81.4%，主觀性滿意率為90.0%和89.3%，重返工作率為43%和74%。由此，Checroun等認為兩者的療效相仿，但對于持續的2期原發肩峰下關節撞擊征，他推薦首選ASD，而首次手術失效的病例選擇OSD。與OSD相比，ASD的技術要求相對較高，但它使患者較早康復，因為它不存在三角肌止點剝離、重建的過程。但T’Jonck等認為，ASD的這些主要優點在術后早期比較明顯，1年后兩者的區別已很輕微。
Sachs等詳細報道了OSD和ASD臨床隨機對照研究的結果：平均病程在6個月以上的41例2期撞擊片病例，隨機分為OSD組（22例）和ASD組（19例）。分別在術后2、6、12、26、52周評估，評價參數包括患者滿意度、疼痛、關節活動范圍、肌力、恢復日常活動和住院時間。隨訪的結果表明：ASD組的術后功能恢復比OSD組快，但其余各項指標并無統計學差異。
對肩峰下減壓術治療肩峰下關節撞擊征仍有一些爭議,Budoff等認為，大多數肩峰下關節撞擊征發生于肩袖內源性變性，減壓術因使肩峰下軟組織失神經支配而能較好地緩解疼痛，但不是針對病因治療。肩峰下減壓術后又有肩峰骨刺形成有利支持了這一點。減壓術會破壞肩峰的骨膜和骨皮質，使大面積粗糙骨松質外露和導致大量瘢痕形成，繼而喙肩弓纖維化，導致患肩的活動范圍下降。原發的肩峰異常、先天性肩峰下出口狹窄這兩類真正需要減壓術的異常只占肩峰下關節撞擊征的一小部分。喙肩弓對穩定肩關節的作用已越來越受到重視，減壓術會破壞喙肩弓，從而使肱骨頭的異常上移不能受到限制。肩袖的病變在組織學上表現為成纖維細胞增生，被認定是疼痛的根源。基于以上的理由，Budoff等反對將減壓術作為一種常規手術，認為應有選擇地進行，他推崇用肩袖清理術來治療肩峰下關節撞擊征。
依據美國加州大學洛山礬分校矯形外科肩關節評分標準（VCLA）現已成為被廣泛運用的公認評分方法之一。Budoff報道的98例肩袖清理術短期隨訪（2～5年）的優良率是89%，排除了有補償要求的患者后為93%；長期隨訪（5年以上）的優良率是81%，排除了有補償要求的患者后為83%。他認為，肩袖清理術的重點在于準確定位肩袖的病變，并建議使用刨刀來檢查而不是僅僅觀察肩袖表面，病變區被覆的滑囊組織必須去除，直至健康的肌腱組織顯露。