蛋白質芯片作為生物芯片的一種，已經成為研究蛋白質的重要工具。蛋白芯片的檢測原理同免疫檢測，也可以稱為芯片免疫分析。蛋白芯片大致分為三種類型，第一類是由蛋白質微陣列構成的芯片，第二類是以各種微結構為基礎的微流控型芯片，第三類是結合微球編碼和流式檢測的懸浮芯片。這三種類型中，利用免疫原理并采用熒光檢測的居于主流，因此，此類蛋白芯片技術可以稱作芯片上的熒光免疫分析，由于具有樣品量少，分析通量高，能進行多組分同時分析等優點，已經成為熒光免疫分析乃至整個免疫分析的重要發展方向。
這三種類型的蛋白芯片技術中，微陣列型免疫芯片發展最早，但直接沿用基因芯片的熒光標記方法，靈敏度不高。因為在基因芯片中，標記的靶序列cDNA可以滲入大量熒光分子，而獲得很高的檢測靈敏度。但蛋白芯片只能采用抗體直接標記的形式，一個抗體分子上能標記的熒光分子數受到很大限制。因此目前微陣列型免疫芯片發展緩慢。