毛細管凝膠電泳儀（CGE）是20世紀80年代后期發展起來的毛細管電泳分離模式。它是將凝膠電泳儀對生物大分子的分離能力與毛細管電泳儀的快速、微量和定量分析相結合，是當今分離度極高的一種分離技術。
一、工作原理：
將聚丙烯酰胺等在毛細管中交聯生成凝膠，以凝膠作為載體進行電泳，凝膠具有多孔性，類似分子篩的作用，樣品分子按大小分離。
二、凝膠類型：
1、無機凝膠：
（1）多孔硅膠。
（2）多孔玻璃。
2、有機凝膠：
（1）聚丙烯酰胺。
（2）瓊脂糖。
三、凝膠柱制備：
CGE的關鍵是凝膠柱的制備，常用聚丙烯酰胺凝膠進行DNA片段分析和測序。測定蛋白質和肽的分子量常用十二烷基硫酸鈉聚丙烯酰胺電泳（SDS－PAGE）。
將單體丙烯酰胺溶液中的交聯劑N，N′－甲叉雙丙烯酰胺（Bis）的濃度降為零，得到低粘度線性非交聯的親水性聚合物用作操作溶液，來代替高粘度交聯聚丙烯酰胺，仍有按分子大小分離的作用。無膠篩分柱易制備，使用方便，但分離能力比凝膠柱差。
四、特點：
1、抗對流性好，散熱性好，分離度極高。
2、能有效減小組分擴散，峰形尖銳。
五、應用：
蛋白質和DNA等的荷質比與分子大小無關，CZE分離模式很難分離，采用CGE能獲得良好分離。