毛細管電泳儀的主要部件有直流高壓電源、毛細管、電極和電極槽、沖洗進樣系統、檢測系統和數據處理系統等。
兩個緩沖液瓶裝有與毛細管內相同的背景緩沖液，將毛細管兩端置于兩個緩沖液瓶中，鉑金電極分別插入兩個緩沖液瓶中。
在實驗過程中，兩個緩沖液瓶內的背景電解質溶液應保持在同一液面水平，并且毛細管兩端也應插入到液面下同一深度，防止毛細管兩端因壓力差而產生虹吸效應引起溶液的流動，從而影響分析結果。
