毛細管電泳色譜儀（CE）是以毛細管為分離通道，以高壓直流電場為驅動力，利用荷電粒子之間的淌度差異和分配系數差異進行分離，是分析科學繼液相色譜儀之后的又一重大進展，使分析科學從微升級進入到了納升級水平，正成為生物樣品zui重要的分離分析手段。CE分離分析模式有毛細管電色譜、毛細管區帶電泳、毛細管膠束電動色譜、毛細管凝膠電泳、毛細管等電聚焦電泳和毛細管等速電泳等。
一、毛細管電色譜：
1、固定相：色譜固定相。
2、原理：在毛細管中填充固定相顆粒、管壁鍵合固定相或制成連續床固定相，以電滲流或電滲流與壓力共同驅動流動相，利用樣品各組分在固定相和流動相中分配系數差異和本身淌度差異進行分離。
3、特點：分離效率比液相色譜高，選擇性比毛細管區帶電泳高，分析速度快，分析結果重復性好。
4、應用：是有發展前景的分離方法，填充毛細管電色譜在蛋白質分析中有重要潛力。
二、毛細管區帶電泳：
1、原理：根據樣品各組分質荷比的不同進行分離。
2、特點：是CE中最基本、應用最廣泛的一種分離模式。
3、應用：適用于分離蛋白質、多肽和帶電荷的大小分子。
三、毛細管膠束電動色譜：
1、原理：在電泳緩沖溶液中加入表面活性劑，當溶液中表面活性劑濃度超過臨界膠束濃度時，表面活性劑分子之間的疏水基團聚集在一起形成膠束，成為分離體系的準固定相，根據樣品各組分在水相和膠束相中的分配系數差異進行分離。
2、特點：可在分離離子型化合物的同時進行中性物質的分離。
3、應用：在各個領域顯示出廣泛的應用前景。
四、毛細管凝膠電泳：
1、載體：聚丙烯酰胺凝膠和瓊脂糖凝膠，前者應用最多。
2、原理：分子篩效應。
3、特點：峰形尖銳，是CE中柱效最高的一種分離模式。
4、應用：用于測定核酸片斷和蛋白質相對分子量，是研究DAN排序的重要手段。
五、毛細管等電聚焦電泳：
1、原理：利用蛋白質分子或其它兩性分子等電點的不同，在一個穩定、連續、線性的pH梯度中進行分離。
2、特點：分辨率高，區帶清晰且窄。
3、應用：可分離等電點差異小于 0.01pH單位的兩種蛋白質，特別適合分離相對分子量相近而等電點不同的蛋白質組分。
六、毛細管等速電泳：
1、原理：用淌度比樣品中任何組分的淌度都高的電解質作為先導電解質，用淌度比樣品中任何組分的淌度都低的電解質作為尾隨電解質，樣品組分夾在先導電解質和尾隨電解質之間，根據各自有效淌度的不同進行分離。
2、特點：區帶界面明顯，具有富集和濃縮作用。
3、應用：目前應用不多。