水質污染的連續自動監測系統是一套以在線自動分析儀器為核心，運用現代傳感器技術、自動測量技術、自動控制技術、計算機應用技術以及相關的專用分析軟件和通訊網絡所組成的一個綜合性的在線自動監測體系。但較之大氣污染的連續自動監測，水質的連續自動監測要困難得多，這是因為水環境中的污染物種類更多，成分更復雜，從而導致基體干擾嚴重，通常都要進行化學前處理，而且污染物的含量往往是痕量的，要求建立可行的提取、分離，富集和痕量分析方法，所有這些均為連續自動監測技術帶來一系列困難。根據目前水質污染連續自動監測技術的發展，首先連續自動監測那些能反應水質污染的綜合指標項目，然后再逐步增加其他污染物項目。