1.腸桿菌科細菌的不同菌種和同種細菌的不同菌株，對于各種抗菌藥物的敏感性往往有很大差異，因此抗菌藥物的選用應盡可能以藥物敏感試驗的結果為依據。
2.由于多數腸桿菌科細菌為條件致病菌，除少數病人系醫院外獲得之感染外，多數病人為院內獲得性感染，其中大部分患有原發疾病。其原發疾病的性質往往是決定腸桿菌科細菌感染者預后的重要因原發疾病的性質和預后越嚴重，對病人免疫功能的損害程度越大，則抗菌藥物的療效也越差。
3.對于革蘭陰性桿菌嚴重感染的病人，應在送驗標本培養和藥敏試驗尚未獲得結果以前即開始經驗治療，待化驗結果獲知后，并根據病人對治療的反應加以調整。
4.經驗治療方案如下。
(1)院外獲得性感染 細菌來源于尿路者可用哌拉西林或頭孢菌素類或氟喹諾酮類，如：諾氟沙星、氧氟沙星和環丙沙星等等。嚴重病例可合用氨基糖苷類。國內大腸桿菌對氟喹諾酮類耐藥率可達50%以上，有時臨床療效較差，應予注意。
(2)醫院內感染:第三代頭孢菌素或氨基糖苷類抗生素合并哌拉西林或氟喹諾酮類 (注射劑)。
(3)醫院內感染合并白細胞減低、大面積燒傷(燒傷面積在20%以上)、由氣霧吸入或人工呼吸器污染所致者，可用哌拉西林或第三代頭孢菌素或氟喹諾酮類聯合氨基糖苷類，或哌拉西林-三唑巴坦或亞胺培南。
(4)在革蘭陰性桿菌對慶大霉素耐藥性高的醫療單位內，氨基糖苷類抗生素宜采用阿米卡星或異帕米星。
5.已知病原的治療。病原菌分離后應進行藥敏試驗和聯合藥敏試驗，作為選用藥物的參考。肺炎克菌多數對氨芐(竣芐)西林耐藥，宜用頭孢菌素類合并氨基糖苷類治療。革蘭陰性桿菌腦膜炎宜用第三代頭孢菌素，必要時合用氨基糖苷類。治療腹腔感染或腹膜炎、盆腔感染時可考慮用哌拉西林或頭齙菌素類合并甲硝唑，因可能同時有脆弱擬桿菌存在，氟喹諾酮類藥物如：諾氟沙星、氧氟沙星、環丙沙星、伊諾沙星、培氟沙星等，中、輕度病人可口服，嚴重病例可用注射劑，本類藥物對腸桿菌科細菌有強大抗菌作用，但不宜用于嚴重大腸桿菌感染，小兒及孕婦不宜應用。
6.采用體外有協同作用的抗菌藥物聯合，可提高療效。此外，可以用病人分離所得細菌與病人血清進行血清殺菌滴度測定，滴度在1:8以上者預后較好。
7.對嚴重病人、老年人、新生兒或有嚴重肝、 腎功能損害者，有條件時應進行血藥濃度監測，對于保證有效血濃度，提高療效以及防止和減少藥物不良反應，均有重要意義。