主要是對癥治療，遵循綜合治療和個體化治療的原則。
1.一般治療
建立良好的生活習慣，避免煙、酒及服用非甾體抗炎藥。無特殊食譜，避免個人生活經歷中誘發癥狀的食物。注意根據患者不同特點進行心理治療。失眠、焦慮者可適當予以鎮靜藥。
2.藥物治療
無特效藥，主要是經驗治療。
（1）抑制胃酸分泌藥 一般用于以上腹痛為主要癥狀的患者，可選擇性地用H2受體拮抗劑或質子泵抑制劑。
（2）促胃腸動力藥 一般適用于上腹脹、早飽、噯氣為主要癥狀患者。選擇性地服用多潘立酮、伊托必利等。
（3）根除幽門螺桿菌治療 對小部分有幽門螺桿菌感染的FD患者可能有效，對于癥狀嚴重者可試用。
（4）抗抑郁藥 上述治療療效欠佳而伴隨精神癥狀明顯者可試用，常用的有三環類抗抑郁藥；選擇性抑制5-羥色胺再攝取劑，氟哌噻噸美利曲辛片等，宜從小劑量開始，注意藥物的不良反應。建議在專科醫師指導下服用。
（5）其他 可用黏膜保護劑，如氫氧化鋁凝膠、鉍劑、硫糖鋁、麥滋林-S等。