1.一般治療
（1）支持治療 包括保持呼吸道通暢，氧氣吸入，給予足夠的營養和液體，以保持機體處于安全和穩定狀態。
（2）積極治療原發病 變形桿菌肺炎的發病一般有潛在的基礎疾病如慢性肺部疾病糖尿病、酒精中毒和腎臟病等，積極處理這些原發疾病，有利于改善病人機體狀況，增加抵抗力。
2.抗感染治療
抗菌藥物的應用是治療變形桿菌肺炎的關鍵。但由于許多菌株如普通變形桿菌、奇異變形桿菌等具有天然耐藥性，因此在經驗治療的基礎上一定要參考體外藥物敏感試驗結果。
（1）三代頭孢菌素 在體外細菌學及藥物敏感試驗結果出來前，對革蘭陰性桿菌性肺炎尤其是院內獲得性目前主張選用針對革蘭陰性桿菌的第三代頭孢菌素，或與氨基糖苷類抗生素合用。常用藥物頭孢曲松（頭孢三嗪）。
（2）氨基糖苷類 對奇異變形桿菌以外的細菌常為首選，最常使用的為阿米卡星，但對有腎臟功能不全者或老年人應注意毒副反應，必要時可作血藥濃度檢測，可與第三代頭孢菌素合用。
（3）喹諾酮類藥物 對頭孢菌素和氨基糖苷類抗生素反應不佳時可選用喹諾酮類抗生素，靜脈應用如環丙沙星、氧氟沙星、左氧氟沙星、司氟沙星（司帕沙星）等。
當取得病原學結果后，應及時根據藥敏結果調整抗生素，選用敏感抗生素。