1.單純性腎囊腫
一般囊腫體積不大，無癥狀，腎功能正常，且自然變化緩慢，常不需治療，但應每半年至1年復查B超。直徑>4cm者可考慮穿刺抽液，囊腔內注入硬化劑防止囊液再生。直徑>8cm者可能需要手術治療。
2.多囊腎
（1）注意避免劇烈體育活動和腹部創傷 腎臟腫大明顯應避免腰帶過緊防止囊腔破裂。
（2）抗高血壓治療 很好地控制高血壓，可使患者預后改觀。
（3）防治尿路感染和結石 洗澡盡量選擇淋浴，勿憋尿，勤排尿，注意外陰衛生，盡量避免導尿和其他尿路器械檢查有助于預防尿路感染。在醫生指導下選擇有效抗生素用于治療并發的急性或慢性泌尿系感染，少數出于預防性用藥。
（4）肉眼血尿發作 減少活動及臥床休息。肉眼血尿持續不止或大量出血，可使用藥物（抑肽酶和去氨加壓素）止血，必要時考慮腎動脈栓塞術。
（5）囊腫減壓術 囊腫表淺而且較大，且有進展性高血壓、腎功能不全或伴持續疼痛者可考慮B超引導下定位穿刺減壓。囊腫縮小或閉合則減輕對腎組織的壓迫，改善腎缺血，可使部分患者疼痛緩解，高血壓或腎功能好轉。
（6）手術治療 本病一旦出現癥狀，病變多已達晚期，應考慮外科手術。對腎周膿腫、蛛網膜下腔動脈瘤出血或巨大腎臟可考慮。如有囊腫化膿或大量出血者不宜手術治療。
（7）腎功能不全治療 同其他慢性腎功能不全治療相同，腎功能不全進展至終末期后進入血液透析替代治療。現代透析技術的充分性和個體化已使多囊腎患者的預后相當良好。
3.腎髓質囊性病
本病無特殊治療方法。糾正電解質紊亂，尤其是補鈉以糾正低鈉血癥和低血容量，可改善腎功能，延緩腎衰竭的進程。如無癥狀及并發癥，無需治療。如有尿路感染則按腎盂腎炎正規給予抗感染治療。并發結石者應多飲水，使每天尿量保持在2000ml以上，可試用排石藥。高鈣尿者加服噻嗪類利尿藥。若病變局限于一側部分腎臟，可考慮病腎或病變部位腎切除術。