因為尿道綜合癥的病源及病因復雜，因此治療需采用綜合治療。
（1）去除病因：若有尿道狹窄、梗阻、炎癥、肉阜、息肉等病因需去除。尿道狹窄者應定期擴張。炎癥用抗炎藥控制。盆底肌肉攣縮病例應用隱神經封閉治療。
（2）應用抗痙攣藥物，如普魯本辛、泌尿靈等。
（3）使尿液堿化，堿性藥物如碳酸氫鈉、利尿合劑等。
（4）內分泌治療，更長期或更年期后老年女性若雌激素下降，可用己烯雌酚或用雌激素栓劑放入尿道，也有將栓塞劑放入陰道內獲得成功的報道。
（5）其他：如高錳酸鉀熱水坐浴，鎮靜劑，會陰部超短波，藥物離子透入，尿道內灌注鏈激酶加抗生素。有神經官能癥的病例應作對癥用藥。