1.中醫治療
用山莨菪堿足三里穴位封閉可減少便次。胃蛋白酶、胰酶、鞣酸蛋白、中藥肥兒散等，均可促進大便性狀好轉并增加消化功能。對于重癥及營養不良患兒，可少量多次輸血、人血白蛋白（白蛋白），以改善全身狀況。
2.西醫治療
（1）飲食療法 基本同輪狀病毒腸炎。人乳喂養是防治嬰幼兒大腸埃希桿菌腸炎的有效措施。
（2）抗菌治療 輕型病例可不用抗菌藥物。通過調整腸道正常菌群而自愈。對重癥嬰兒及有敗血癥者，仍需抗菌治療。
