本病所致腎病綜合征的治療常常比較困難。小劑量、隔天潑尼松治療可能有利于改善腎功能。West等使用隔天口服激素長期治療，在治療前后比較腎活檢，結果證明此法有利于腎臟的存活。大部分腎病學家僅做對癥治療。
Ⅰ型的治療，除糖皮質激素外，還可用其他藥物如免疫抑制藥和抗凝劑。
對于各年齡段MPGN患者，如腎功能正常且僅表現為無癥狀輕度蛋白尿時，無須接受激素免疫抑制藥治療，僅需每3～4個月隨訪1次，密切觀察腎功能、蛋白尿和血壓控制情況。
成人和兒童原發性MPGN患者，在尿蛋白>3克/天，腎功能損害及活檢發現腎間質病變時，方可給予激素、免疫抑制藥治療。如果無效則停止服用糖皮質激素。建議密切隨訪，著重保守治療(即控制血壓、應用降低尿蛋白藥物和糾正代謝紊亂)。重視能夠延緩腎功能衰退的因素和密切隨訪。
其他治療包括降脂，應用ACEI、ARB、低分子肝素等，近年有學者報道用霉酚酸脂(MMF)治療本病，顯示初步效果，但病例數尚少，且缺乏對照和長期觀察研究。
另外細胞毒藥物應用、血漿置換方法、中藥治療在一些研究治療中獲得一些療效。
臨床醫生在決定什么類型的患者何時進行治療時必須考慮疾病的預期病程和結局，以及治療的利弊，腎功能不全的進行性發展和藥物治療引起的依從性差等因素。