1.心理及精神治療
當患者得知自己患了非潰瘍性消化不良時，既要把心胸放寬，不要驚恐和緊張，又要積極地配合醫生堅持進行正規的治療。雖然非潰瘍性消化不良在短時間內較難徹底治愈，但它不會出現嚴重的不良后果，更不會發展為胃癌。病情嚴重的患者還可在醫生的指導下選用調節精神的藥物，如阿米替林、多慮平、馬普替林（路滴美）、氟西汀、氯米帕明、氟哌噻噸美利曲辛片（黛力新）、谷維素、芬那露和柏子養心丸等。
2.胃腸促動力藥物主要包括
①嗎丁啉（又名多潘力酮）：該藥能增強胃腸的蠕動，促進胃的排空，從而可以調節或恢復患者胃腸道的正常活動，使食物能夠順利地進入十二指腸，這對于消除由非潰瘍性消化不良產生的癥狀有一定療效。②伊托必利：該藥具多巴胺D2受體阻滯和乙酰膽堿酯酶抑制的雙重作用，通過刺激內源性乙酰膽堿釋放并抑制其水解而增強胃與十二指腸運動，促進胃排空，并具有中度鎮吐作用。③胃復安（又名滅吐靈）：該藥是一種老的胃腸推動藥。非潰瘍性消化不良患者在沒有嗎丁啉和伊托必利時亦可選用此藥。
3.對癥治療
①非潰瘍性消化不良患者若出現上腹痛可選用顛茄片、阿托品或654-2等藥物進行治療；②若出現腹脹、噯氣癥狀可選用二甲基硅油或消脹片等藥物進行治療；③若出現惡心、嘔吐癥狀可選用維生素B6；④若出現燒心、反酸癥狀可選用抗酸劑，如復方氫氧化鋁（胃舒平）；率碳酸鎂（達喜）等；H2受體拮抗劑，如雷尼替丁、法莫替丁；質子泵抑制劑，如奧美拉唑、蘭索拉唑、泮托拉唑、埃索美拉唑等藥物進行治療。