1.可有口干、輕度惡心、嘔吐、腹脹、便秘、腹瀉、腹痛等；丙氨酸氨基轉移酶（ALT）、天門冬氨酸氨基轉移酶（AST）和膽紅素升高也有發生，一般是輕微和短暫的，大多不影響治療。另有國外資料報道，在使用渥咪哌唑長期治療的患者的胃體活檢標本中可觀察到萎縮性胃炎的表現。
2.神經精神系統：可有感覺異常、頭暈、頭痛、嗜睡、失眠、外周神經炎等。
3.代謝/內分泌系統：長期應用渥咪哌唑可導致維生素B12缺乏。
4.致癌性：動物實驗表明渥咪哌唑可引起胃底部和胃體部主要內分泌細胞-腸嗜鉻細胞增生，長期用藥還可發生胃部類癌。
5.其他：可有皮疹、男性乳腺發育、溶血性貧血等。