傳統分類
根據內含物和形成階段的不同，溶酶體可分為兩大類，具有均質基質的顆粒狀溶酶體稱為初級溶酶體（primary lysosome），含有復雜的髓磷脂樣結構的液泡狀溶酶體稱為次級溶酶體（secondary lysosome）。屬于初級溶酶體的溶酶體，具有肝實質細胞（肝細胞）的高電子密度的顆粒等。這種溶酶體雖含有水解酶，但是它是未進行消化作用的溶酶體。次級溶酶體（消化泡）是由初級溶酶體與細胞吞噬作用所產生的吞噬體相互融合而成的，并且是已供給水解酶的溶酶體。在次級溶酶體中含有攝食的物質，并對其進行消化。消化后所殘留的未消化物稱為殘余小體。一般認為，殘余小體在變形蟲等細胞中被排出細胞之外，但在其他細胞中，則長期留在細胞中，而成為細胞衰老的原因。
新提法
關于溶酶體的類型和命名，有新提法。有研究資料表明，根據溶酶體的形成過程和功能，把溶酶體命名為前溶酶體(endolysosome)和溶酶體。晚期胞內體與脫包被的含有溶酶體酶的轉運小泡融合成前溶酶體，它從高爾基體或細胞膜上的轉運泡（如果是從細胞膜上通過胞飲作用在網格蛋白介導下回收的溶酶體酶則在脫去包被后形成胞內體）接受了新合成的水解酶和溶酶體膜蛋白，在質子泵的作用下，pH維持在低水平。隨后已經糖基化且磷酸化的溶酶體酶與膜上的M6P受體分離。接著，M6P與溶酶體酶分離，溶酶體酶去磷酸化。pH再進一步降低，即成為溶酶體。而M6P受體則可以進一步回收至高爾基體TGN或細胞膜上。
吞噬體與前溶酶體或溶酶體融合成吞噬溶酶體；自噬體與前溶酶體或溶酶體融合形成自噬溶酶體。吞噬溶酶體和自噬溶酶體將物質水解成小分子物質，被細胞吸收，還殘留一些不被消化和吸收的物質稱為殘質體。經出胞作用排出細胞，但大部分殘質體留在細胞內，如脂褐色素、老年斑即是這種色素的沉積。