矽肺
二氧化硅塵粒（矽[xī]塵）吸入肺泡后被巨噬細胞吞噬，含有矽塵的吞噬小體與溶酶體合并成為次級溶酶體。二氧化硅的羥基與溶酶體膜的磷脂或蛋白形成氫鍵，導致吞噬細胞溶酶體崩解，細胞本身也被破壞，矽塵釋出，后又被其他巨噬細胞吞噬，如此反復進行。受損或已破壞的巨噬細胞釋放“致纖維化因子”，并激活成纖維細胞，導致膠原纖維沉積，肺組織纖維化。
肺結核
結核桿菌不產生內、外毒素，也無莢膜和侵襲性酶。但是菌體成分硫酸腦苷脂能抵抗胞內的溶菌殺傷作用，使結核桿菌在肺泡內大量生長繁殖，導致巨噬細胞裂解，釋放出的結核桿菌再被吞噬而重復上述過程，最終引起肺組織鈣化和纖維化。
各類溶酶體貯積癥
溶酶體貯積癥（Lysosome Storage Diseases 簡稱：LSDs）是由于遺傳缺陷引起的，由于溶酶體的酶發生變異，功能喪失，導致底物在溶酶體中大量貯積，進而影響細胞功能，常見的貯積癥主要有以下幾類：
臺-薩氏綜合征（Tay-Sachs diesease）：要叫黑蒙性家族癡呆癥，溶酶體缺少氨基已糖酯酶A（β-N-hexosaminidase），導致神經節甘脂GM2積累（圖6-30），影響細胞功能，造成精神癡呆，2~6歲死亡。患者表現為漸進性失明、病呆和癱瘓，該病主要出現在猶太人群中。
II型糖原累積病（Pompe病或稱龐貝氏病）：溶酶體缺乏α-1，4-葡萄糖苷酶，糖原在溶酶體中積累，導致心、肝、舌腫大和骨骼肌無力。屬常染色體缺陷性遺傳病，患者多為小孩，常在兩周歲以前死亡。
戈謝病（Gaucher病）：又稱腦苷脂沉積病，是巨噬細胞和腦神經細胞的溶酶體缺乏β- 葡萄糖苷酶造成的。大量的葡萄糖腦苷脂沉積在這些細胞溶酶體內，巨噬細胞變成戈謝細胞，患者的肝、脾、淋巴結等腫大，中樞神經系統發生退行性變化，常在1 歲內死亡。
細胞內含物病（inclusion-cell disease，I-cell disease）：一種更嚴重的貯積癥，是N-乙酰葡糖胺磷酸轉移酶單基因突變引起的。由于基因突變，高爾基體中加工的溶酶體前酶上不能形成M6P分選信號，酶被運出細胞（default pathway）。這類病人成纖維細胞的溶酶體中沒有水解酶，導致底物在溶酶體中大量貯積，形成所謂的“包涵體（inclusion）”。另外這類病人肝細胞中有正常的溶酶體，說明溶酶體形成還具有M6P之外的途徑。
遺傳性疾病
溶酶體中酸性水解酶的合成，象其它蛋白質的生物合成過程一樣，是由基因決定的，當基因突變引起酶蛋白合成障阻時，可造成溶酶體酶缺乏。機體由于基因缺陷，可使溶酶體中缺少某種水解酶，致使相應作用物不能降解而積蓄在溶酶體中，造成細胞代謝障阻，形成溶酶體貯積病。其主要的病理表現為有關臟器(肝、腎、心肌、骨骼肌)中溶酶體過載，即細胞攝入過多或不能消化的物質，或因溶酶體酶活性降低，以及機體的年齡增長，從而在細胞內出現大量溶酶體蓄積造成過載。目前已知這類疾病達40余種，國內可檢測的有30多種（見詞條：溶酶體貯積癥）。其中糖原貯積病Ⅱ型是最早被發現的。由于在肝細胞常染色體上的一個基因缺陷，使溶酶體內缺乏α-葡萄糖苷酶，導致糖原無法降解為葡萄糖，而造成糖原在肝臟和肌肉大量積蓄。此病多發生于嬰兒。臨床表現為肌無力，心臟增大，進行性心力衰竭，多于兩周歲以前死亡，故此病又稱為心臟型糖原沉著病。
類風濕關節炎
對類風濕關節炎的病因還不清楚，但此病所表現出來的關節骨膜組織的炎癥變化以及關節軟骨細胞的腐蝕，被認為是細胞內的溶酶體的局部釋放所致。其原因可能是由于某種類風濕因子，如抗IgG，被巨噬細胞、中性粒細胞等吞噬，促使溶酶體酶外逸。而其中的一些酶，如膠原酶，能腐蝕軟骨，產生關節的局部損害，而軟骨消化的代謝產物，如硫酸軟骨素，又能促使激肽的產生而參與關節的炎癥反應。
休克
在休克過程中，機體微循環發生紊亂，組織缺血、缺氧，影響了供能系統，使膜不穩定，引起溶酶體酶的外漏，造成細胞與機體的損傷。休克時機體細胞內溶酶體增多，體積增大，吞噬體顯著增加。溶酶體內的酶向組織內外釋放，多在肝和腸系膜等處，引起細胞和組織自溶。因此，在休克時，測定淋巴液和血液中溶酶體酶的含量高低，可作為細胞損傷輕重度的定量指標。通常以酸性磷酸酶、β-葡萄糖醛酸酶與組織蛋白酶為指標。關于休克時溶酶體釋放的機理，有人提出是由于pH降低和三羧酸循環受阻。休克時缺血缺氧，引起細胞pH值的下降(約pH5)，酸性水解酶活化，水解溶酶體膜，最終導致溶酶體膜裂解，溶酶體釋放，使細胞、組織自溶。
腫瘤
溶酶體與腫瘤的關系日益引起人們的關注，一般有以下幾種觀點：
(1)致癌物質引起細胞分裂調節機能的障阻及染色體畸變，可能與溶酶體釋放水解酶的作用有關；
(2)某些影響溶酶體膜通透性的物質，如巴豆油，某些去垢劑、高壓氧等，是促進致癌作用的輔助因子，也能引發細胞的異常分裂；
(3)在核膜殘缺的情況下，核膜對核的保護喪失，溶酶體可以溶解染色質，而引起細胞突變；
(4)溶酶體代謝過程中的某些產物是腫瘤細胞增殖的物質基礎；
(5)致癌物質進入細胞，在與染色體整合之前，總是先貯存在溶酶體中，這已為放射自顯影所證實。
總之，溶酶體與腫瘤發生是否有直接關系，尚待進一步探索 。