瓊脂糖凝膠電泳色譜儀的載體按熔點可分為高熔點（標準）瓊脂糖凝膠和低熔點瓊脂糖凝膠。
一、高熔點（標準）瓊脂糖凝膠：
制造高熔點瓊脂糖凝膠的原料是Gelidium和Gracilaria海藻。這兩種瓊脂糖的熔點不同，但在實際應用中每種來源的瓊脂糖都可以用于分離1～25kb的DNA段。新型的標準瓊脂糖具有高凝膠強度和低電內滲，可以制成濃度低至0.3%的凝膠，能方便地分離高分子質量DNA（直至60kb），在任何濃度下DNA遷移速度均比通用的標準瓊脂糖快10%～20%。
二、低熔點瓊脂糖凝膠：
低熔點瓊脂糖凝膠是通過羥乙基化修飾的瓊脂糖，可在較低的溫度熔化，羥乙基化替代程度決定準確的熔化溫度。低熔點瓊脂糖主要用于DNA的快速回收，因為大多數該類型瓊脂糖在65℃熔化，這個溫度遠低于雙鏈DNA的解鏈溫度。這種特性使它還可以用于DNA的簡單純化和酶處理，在熔化的凝膠中用核酸直接進行細菌轉化。低熔點瓊脂糖比等濃度的標準瓊脂糖的篩分能力更高，分辨率接近聚丙烯酰胺凝膠，可用于PCR產物、小片段DNA和小RNA（＜lkb）的分離。現在低熔點瓊脂糖能分辨少至4bp的DNA和分離200～800bp范圍內相差2%的DNA段。