對來源于不同個體（正常人與患者）、不同組織、不同細胞周期、不同發育階段、不同分化階段、不同病變、不同刺激（包括不同誘導、不同治療階段）下的細胞內的mRNA或逆轉錄后產生的cDNA與表達譜基因芯片進行雜交，可以對這些基因表達的個體特異性、組織特異性、發育階段特異性、分化階段特異性、病變特異性、刺激特異性進行綜合的分析和判斷，迅速將某個或幾個基因與疾病聯系起來，極大地加快這些基因功能的確立，同時進一步研究基因與基因間相互作用的關系。所以，無論何種研究領域，利用表達譜基因芯片可以獲得大量與研究領域相關的基因，使研究更具目的性和系統性，同時也拓寬研究領域。