甲醛洋菜膠體電泳 （formaldehyde-agarose gel electrophoresis）甲醛是一種常用的RNA 變性劑。用于（1）RNA的分離測定（2）RNA提純。
| 實驗方法原理 | rRNA 占細胞RNA總量的80~85%,以ethidium bromide 染色后，呈現于膠體上的兩個主要RNA色帶應該分別是large 與small rRNAs （真核生物為28S 與18S,原核生物為23S 與16S）；散布于small rRNA 附近，呈淡淡smear 的就是mRNAs，這是因為mRNAs 存在量不多，而且長度不一的緣故。長度較短的5S rRNA 及tRNA 等則在膠體下方也以特定色帶呈現。 |
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| 實驗材料 | |
| 試劑、試劑盒 | formaldehyde gel running bufferFormaldehyde gel loading buffer Ethidium bromide DEPC |
| 儀器、耗材 | |
| 實驗步驟 | 一、實驗材料準備 2. 藥品試劑 自菌體抽取的RNA （I-1, I-2, U-1, and U-2） 與胞外轉錄反應所制備的正意股及反意股RNA （#1, #2, #3, and #4）。 5xformaldehyde gel running buffer （0.1 M MOPS, pH 7.0; 40 mM sodium acetate; 5 mM EDTA） Formaldehyde gel loading buffer （0.25% bromophenol blue; 0.25% xylene cyanol;50% glycerol; 1 mM EDTA） Ethidium bromide （1 ug/uL in dH2O/DEPC） dH2O/DEPC 二、方法步驟
1. 準備一片1.2%甲醛洋菜膠體 （1） 秤取0.48 g agarose置100 mL血清瓶，加入25 mL dH2O/DEPC。 （2） 以微波爐加熱溶解的后，微微晃動血清瓶使混合均勻，再移至60℃恒溫水槽靜置5 min。 （3） 將裝著agarose 溶液的血清瓶移至抽氣櫥，加入8 mL 的5x formaldehyde gel running buffer 及7.2 mL 的甲醛，輕輕搖晃血清瓶以便混合均勻。 膠體總體積為40 mL，為了避免agarose 溶液因溫度快速下降，很快便凝固，應力求動作迅速，但應避免劇烈搖晃，以免弄出一大堆氣泡，影響膠體凝結。 （4） 盡速于抽氣櫥內把混合液倒入膠體鑄模，并插入樣本梳 （teeth comb）。膠體凝固至少需時30 min。 2. 電泳 （1） 要進行電泳時，把已凝固的洋菜膠體放進電泳槽，并加入適量1x formadehyde gel running buffer。 （2） 以50 V 定電壓預跑5 min。 （3） 依序注入上列8 個RNA 樣本，以50 V 定電壓進行電泳，待追蹤染劑移動至膠體三分的二處時，關閉電源，將膠體移至UV transilluminator box，觀察RNA 色帶的存在情形，并拍照存證。 注意：這一片膠體往下將用來進行北方轉印實驗，請小心處置！ |
| 注意事項 | 1. 本實驗主要參照Sambrook and Russell （2001） 的方法。 2. 進行本實驗時請務必戴手套。 3. 甲醛與formamide 都放在抽氣櫥內。 |
| 其他 | 1. 在進行甲醛洋菜膠體電泳分析時，必須先配制含有甲醛的洋菜膠體，RNA 也必須先以甲醛及formamide 進行變性處理，以確保其二度結構充分被打開。 2. 由于甲醛可能是一種致癌物質，配制膠體及進行電泳分析時都應在抽氣櫥里小心操作。 3. 此外，含有甲醛的洋菜膠體比較滑溜，容易破裂，在移動膠體時應特別留神。由于rRNA 占細胞RNA總量的80-85%,以ethidium bromide 染色后，呈現于膠體上的兩個主要RNA色帶應該分別是large 與small rRNAs （真核生物為28S 與18S,原核生物為23S 與16S）。 4. 散布于small rRNA 附近，呈淡淡smear 的就是mRNAs,這是因為mRNAs 存在量不多，而且長度不一的緣故。長度較短的5S rRNA 及tRNA 等則在膠體下方也以特定色帶呈現。 |