1．電泳介質的pH值
溶液的pH值決定帶電物質的解離程度，也決定物質所帶凈電荷的多少。對蛋白質，氨基酸等類似兩性電解質，pH值離等電點越遠，粒子所帶電荷越多，泳動速度越快，反之越慢。因此，當分離某一種混合物時，應選擇一種能擴大各種蛋白質所帶電荷量差別的pH值，以利于各種蛋白質的有效分離。為了保證電泳過程中溶液的pH值恒定，必須采用緩沖溶液。
2．緩沖液的離子強度
溶液的離子強度（Ion intensity）是指溶液中各離子的摩爾濃度與離子價數平方的積的總和的1/2。帶電顆粒的遷移率與離子強度的平方根成反比。低離子強度時，遷移率快，但離子強度過低，緩沖液的緩沖容量小，不易維持pH恒定。高離子強度時，遷移率慢，但電泳譜帶要比低離子強度時細窄。通常溶液的離子強度在0.02～0.2之間。
I=1/2∑CiZi2 (I：離子強度；Ci：離子的摩爾濃度；Zi：離子價數.)
0.154M NaCl溶液的離子強度為：
I= 1/2(0.154×12+0.154×12)=0.154
0.015M Na2SO4溶液的離子強度為：
I= 1/2(0.015×2×12+0.015×22)=0.045
3．電場強度
電場強度（電勢梯度Electric field intensity）是指每厘米的電位降（電位差或電位梯度）。電場強度對電泳速度起著正比作用，電場強度越高，帶電顆粒移動速度越快。根據實驗的需要，電泳可分為兩種：一種是高壓電泳，所用電壓在500～1000V或更高。由于電壓高，電泳時間短（有的樣品需數分鐘），適用于低分子化合物的分離，如氨基酸，無機離子，包括部分聚焦電泳分離及序列電泳的分離等。因電壓高，產熱量大，必須裝有冷卻裝置，否則熱量可引起蛋白質等物質的變性而不能分離，還因發熱引起緩沖液中水分蒸發過多，使支持物（濾紙，薄膜或凝膠等）上離子強度增加，以及引起虹吸現象（電泳槽內液被吸到支持物上）等，都會影響物質的分離。另一種為常壓電泳，產熱量小，室溫在10～25℃分離蛋白質標本是不被破壞的，無需冷卻裝置，一般分離時間長。
4．電滲現象
在電場中液體對于一個固體的固定相相對移動稱為電滲。在有載體的電泳中，影響電泳移動的一個重要因素是電滲。最常遇到的情況是γ-球蛋白，由原點向負極移動，這就是電滲作用所引起的倒移現象。產生電滲現象的原因是載體中常含有可電離的基團，如濾紙中含有羥基而帶負電荷，與濾紙相接觸的水溶液帶正電荷，液體便向負極移動。由于電滲現象往往與電泳同時存在，所以帶電粒子的移動距離也受電滲影響；如電泳方向與電滲相反，則實際電泳的距離等于電泳距離加上電滲的距離。瓊脂中含有瓊脂果膠，其中含有較多的硫酸根，所以在瓊脂電泳時電滲現象很明顯，許多球蛋白均向負極移動。除去了瓊脂果膠后的瓊脂糖用作凝膠電泳時，電滲大為減弱。電滲所造成的移動距離可用不帶電的有色染料或有色葡聚糖點在支持物的中心，以觀察電滲的方向和距離。