細菌(bacteria)的生物學分類屬于原核細胞生物界，廣義的細菌概念包括所有原核細胞型微生物，有細菌、放線菌、衣原體、支原體、立克次氏體和螺旋體；狹義的細菌的概念專指其中的細菌。它種類繁多，數量龐大，最具代表性，一般情況下通常是指狹義概念的細菌。
1．細菌的大小形態細菌是肉眼看不見，需經顯微鏡放大幾百倍或一千倍才能看見的微小生物。通常以微米(μm)為測量單位。由于細菌是透明的，因此，要經過染色，才可以看見它們的輪廓、形態，甚至結構。通常，電鏡觀察細菌的超微結構時用nm（1/1000μm）測量其大小，光鏡觀察細菌時用μm( 1/1000 mm)測量。當然，不同的細菌，甚至有時同一類細菌也可因菌齡、細菌生長所處的環境因素不同，其大小、形態都有不同或有一定程度的差異。
臨床最常用的細菌染色方法是革蘭染色法。經過革蘭氏染色可將細菌分為兩大類：紫色的是革蘭氏陽性菌，紅色的是革蘭氏陰性菌。由于兩類細菌的細胞壁結構不同，決定了其染色性不同，且對人體的致病性和對抗生素的敏感性也有較大差異。結核桿菌革蘭氏染色法不著色，經抗酸染色后呈紅色。
2．細菌的分類細菌的分類是根據每種細菌各自的特征，并按照它們的親緣關系分門別類，以不同等級編排成系統。有兩種分類法：①以細菌的形態和生理生化特性為依據的表型特征分類法；②用化學分析和核酸分析，以細菌大分子物質（核酸、蛋白質）結構的同源程度進行分類。
細菌的分類等級和其他生物相同，依次為界( kingdom)、門(division)、綱( class)、目(order)、科(family)、屬(genus)、種(species)。細菌屬于原核生物界( procaryotae)。細菌常用的分類單位是屬和種。種是細菌分類的基本單位，將生物學性狀基本相同的細菌群體歸成一個菌種；性狀相近，關系密切的若干菌種組成一個菌屬。由不同來源分離的同一種、同一亞種或同一型的細菌，稱為株( strain)。株的建立是從一次單獨分離物的單個原始菌落傳代的純培養物，例如，從10個肺結核患者的痰液中分離出的IO株結核分枝桿菌。
3．細菌的形態細菌的基本形態有球狀、桿狀、螺旋狀，根據形態特征將細菌分為球菌、桿菌和螺形菌三大類。