利用真菌發酵生產DHA的研究主要集中在破囊壺菌和裂殖壺菌，二者均來自海洋，是有色素和具光刺激生長特性的海生真菌。利用真菌發酵生產DHA可以克服從魚油獲取DHA的不足，能夠人為控制影響因素，保持DHA產量和含量的穩定。真菌發酵生產DHA時，一般合成EPA及其他多不飽和脂肪酸較少，這有利于DHA的分離濃縮，制備高純度DHA。
微生物發酵生產DHA的研究已經取得一定的進展，但還存在以下的問題：
（1）缺乏高產DHA的優質菌種，在發酵過程中菌體生長速率低，其脂質含量和DHA含量不高；
（2）DHA微生物發酵研究大多停留在實驗室的搖瓶階段，沒有大規模實現工業化生產；
（3）從微生物發酵液中提取DHA的方法還有待于進一步改進，以適應于工業化的需要；
（4）尚需探索微生物可利用的廉價底物，以降低其生產成本。
因此，當前最迫切的任務是從自然界微生物資源中篩選高產DHA的優質菌種，加強對DHA的發酵條件，代謝調控和工藝的研究。