（1）腹瀉 廣泛小腸切除術后引起腹瀉的原因包括：食物內容物通過時間縮短，繼發于乳糖和其他碳水化合物吸收功能障礙。
（2）胃液高分泌狀態及消化性潰瘍 胃高分泌狀態是廣泛小腸切除術后的一個重要特征。不僅造成嚴重的消化性潰瘍病，而且對短腸綜合征吸收功能造成進一步損害，造成黏膜彌漫性。
（3）營養障礙 小腸廣泛切除術后，對營養物質包括蛋白質、脂肪、碳水化合物的吸收均發生障礙，導致熱卡不足、體重減輕、疲乏，兒童可導致發育緩慢。
（4）腸道高草酸和腎結石 回腸切除和回腸疾病后腎結石發病率增高。
（5）細菌過度生長 炎性腸道病如Crohn病或放射性腸炎導致的腸間瘺、小腸狹窄、空回腸短路及回結腸切除術后，病人易出現細菌過度繁殖，空回腸短路后由于盲袢內淤積增加，可引起細菌過度繁殖；回結腸切除病人則可能與回盲瓣功能喪失有關，可導致結腸細菌大量反流入小腸。