在離子阱質譜儀中，可以捕獲離子，因此也可以積累離子。離子阱技術具有無法比擬的高靈敏度和快速數據采集能力。將離子阱技術與數據依賴性采集技術（data-dependent acquisition）結合起來，我們就能進行高通量的質譜檢測。不過，離子阱質譜儀的分辨率有限，捕獲離子的能力不高，再加上空間電荷效應（space-charging effect）的影響，因此離子阱質譜儀的檢測準確度不夠高。改進型的線性離子阱質譜儀（linear ion trap analyzers, LIT）具有更高的離子捕獲能力，更寬廣的動態范圍和更高的靈敏度。現在，線性離子阱質譜儀已經取代了傳統的四級桿捕獲設備。我們通常都會使用線性離子阱質譜儀中的慢速掃描功能來提高分辨率。離子阱質譜儀也都具有多階段連續MS/MS功能，有了這種功能，我們能夠反復分離、裂解某些離子片段，這是發現諸如磷酸化等翻譯后修飾情況的好方法。
線性離子阱質譜儀技術已經被運用到三重四級桿質譜儀（triple quadrupole–type instrument）當中，這種新型的質譜儀具有了許多新的功能。Q-Q-LIT質譜儀就是這種三重四級桿質譜儀，它具有母離子掃描功能和中性丟失掃描功能，同時該質譜儀的敏感度也有所提高（圖1B、C）。這些新型的質譜儀為我們提供了分析蛋白質翻譯后修飾情況的“利器”。此外，Q-Q-LIT質譜儀具有的多重反應監測能力（multiplereaction monitoring, MRM）能夠幫助我們發現母離子與某一片段之間的轉換情況。將這種MRM技術與高效能循環（high duty cycle）結合起來，就能獲得無與倫比的敏感性，并且能夠進行定量分析。
Ion source：離子源；MS1：第一個質譜儀；CID：碰撞誘導解離；MS2: 第二個質譜儀；
Product ion scanning：離子產物掃描法；fixed:固定； scanning：掃描；m/z：質荷比；
Precursor ion scanning: 母離子掃描法；time：時間；
Neutral loss scanning: 中性丟失掃描法；Multiple ion monitoring: 多離子監測法；