通過RNA-seq,團隊發現KRAS調控的80條lncRNA中,HIF1A-As2上調幅度最大。通過TCGA(The Cancer Genome Atlas)數據分析,發現HIF1A-As2在肺癌組織表達明顯高于正常組織,并且與細胞增殖和腫瘤發生息息相關。近來,有文獻報道HIF1A-As2可以促進在非小細胞肺癌耐藥性和腫瘤發生發展。但是在已發表論文中,HIF1A-As2主要作為microRNA海綿分子參與腫瘤發生發展,在其它層面的分子機制仍不清楚,尤其在非小細胞肺癌中的生物學功能和分子調控機理也有待闡釋。
通過RAP-MS(RNA Antisense Purification Mass Spectrometry)和CLIP(Cross-linking RNA Immunoprecipitation)實驗,課題組初步篩選出HIF1A-As2結合蛋白質DHX9。DHX9,又名RHA(RNA Helicase A),主要參與DNA復制、轉錄調控、RNA運輸和microRNA生物合成等多項生物學功能。通過RNA-seq、RT-qPCR等方法,課題組發現HIF1A-As2不調控鄰近基因(順式調控),主要調控遠端基因,揭示了其反式調控基因表達的功能。通過GSEA(Gene Set Enrichment Analysis)和GO(Gene Ontology)功能分析,課題組發現HIF1A-As2參與轉錄調控,與MYC通路密切相關。課題組進一步發現,HIF1A-As2通過招募DHX9到MYC啟動子,從而激活MYC轉錄調控,影響下游基因表達,促進細胞增殖和轉移。此外,MYC可以結合在HIF1A-As2區域,從而轉錄后激活HIF1A-As2的表達水平。綜上,HIF1A-As2和MYC形成雙向反饋環路,促進腫瘤發生發展。