由于PCR過程中引物延伸是3'端開始的，所以3'末端的堿基對引物的延伸來說處于至關重要的位置。如果這個堿基與模板互補，則引物能從不間斷延伸，PCR可以正常進行，得到特定長度擴增帶。反之，則不能延伸。
所以只要將與正常等位基因所不同的那個突變堿基安排在引物3'最末端，當用某一含突變序列的引物進行PCR時，如果得到特異擴增帶，表明被測基因含有該種突變。沒有特異擴增帶出現，則表示沒有這種突變。ASA也可以將多個引物在一個反應體系中同時進行（多重ASA），其產物通過CE檢測，就可以完成多個點突變的檢測。