等電聚焦電泳色譜儀是利用蛋白質具有兩性解離和等電點的特征，加入有pH梯度的凝膠介質中，在電場中經過一定時間后，各組分將分別聚焦在各自等電點相應的pH位置上，形成分離的蛋白質區帶。等電聚焦電泳具有靈敏度高、分辨率高和重復性好等特點，特別適合大批量純度檢測和真實性鑒定以及遺傳多樣性等群體生物學領域的研究。
在沒有電場時，載體兩性電解質溶液的pH值約是該溶液pH范圍的平均值（如pH = 3～10的載體兩性電解質溶液，其pH≈6.5），載體兩性電解質分子都帶有電荷，只是在溶液中的正電荷和負電荷數目相等，凈電荷為零。
引入電場時，載體兩性電解質分子分別向陰極和陽極移動，zui終在分子凈電荷為零的位置停止遷移。靠近陽極端的載體兩性電解質，電負性zui強，具有較強的緩沖氫離子的能力，使環境的pH等于載體兩性電解質的pI，一直向陰極順延。靠近陰極端的載體兩性電解質，電正性zui強，具有較強的緩沖氫氧根離子的能力，使環境的pH等于載體兩性電解質的pI，一直向陽極順延。