(一)化學物質滅菌
原理：藥物與微生物細胞中的成分反應，使蛋白質變性酶失活。使用范圍：器皿、雙手和實驗室、無菌室的環境滅菌，不能用于培養基滅菌。
常用的滅菌劑：甲醛 37%
戊二醛 2%
高錳酸鉀 0.1%-0.25%
苯酚 0.1%-0.15%
漂白粉 5%
過氧乙酸 0.02%-0.2%
酒精 75%
焦碳酸二乙酯 0.01%-0.1%
煤酚皂(來蘇爾) 1%—5%
(二)輻射滅菌
輻射滅菌的原理是利用高能量的電磁輻射與菌體核酸的光化學反應造成菌體死亡。常用的有紫外線、X射線和γ射線。用于室內空氣及器皿表面滅菌。
(三)干熱滅菌
滅菌原理是利用高溫對微生物有氧化、蛋白質變性和電解質濃縮作用而殺滅微生物。常用灼燒和電熱箱加熱，140-180℃ 1-2小時。適于對玻璃及金屬用具及沙土管滅菌。
(四)濕熱滅菌
滅菌原理是直接用蒸汽滅菌，蒸汽在冷凝時能釋放出大量潛熱，蒸汽具有強大的穿透力，破壞菌體蛋白和核酸的化學鍵，使酶失活，微生物因代謝障礙而死亡。水煮常壓滅菌：100℃。或飽和蒸汽滅菌：一般121℃，30分鐘。適合培養基和發酵設備滅菌。
(五)過濾除菌
除菌原理是利用微生物不能透過濾膜除菌。方法是使用0.01~0.45 mm孔徑濾膜，用于壓縮空氣、酶溶液及其他不耐熱化合物溶液除菌。