科果HCS-500型高頻紅外碳硫分析儀為了實現儀器的高性能處理能力，我們不再采用以往設計用的簡單價廉的主頻只有22M的8051單片機，以上8位的8051單片機遠遠不能滿足儀器所需要的實時處理速度。科果HCS-500型高頻紅外碳硫分析儀的中央數據處理單元獨家采用處理主頻高達200Mhz的高性能工業級ARM9處理器，內存和閃存都采用了32M存儲空間的高速芯片。我們在處理器軟件設計上采用了開源的Linux實時操作系統，控制軟件設計上采用基于面向對象的設計方法，保證了程序的最優化和高可靠性。在處理器與采樣芯片接口上使用FPGA作為中間驅動芯片和數據緩沖器，對外部控制閥門采用FPGA實現了并行處理緩沖器驅動快速隔離光藕控制相應的端口。由于我們采用了高速的CPU和采集芯片使用FPGA的硬件處理，所以該儀器將分析采樣次數提高到每秒10萬次以上，而現有其它儀器使用8位8051系列單片機的采樣次數一般為8000/16000次。
高速的CPU將采集到的數據進行實時數據分析，將數據進行逐次逼近和概率統計計算，然后把得到的有效數據存入32M的大容量SDRAM中。