1.活體組織檢查
取距肛門齒狀線3cm以上直腸組織，病理檢查發現有異常增生的神經節纖維束，但無神經節細胞，此為診斷金標準。
2.X線平片以及鋇灌腸
腹部立位平片多顯示低位結腸梗阻。鋇劑灌腸側位和前后位照片中可見到典型的痙攣腸段和擴張腸段，排鋇功能差，24小時后仍有鋇劑存留，若不及時灌腸洗出鋇劑，可形成鋇石，合并腸炎時擴張腸段腸壁呈鋸齒狀表現。新生兒時期擴張腸管多于生后半個月方能對比見到。若仍不能確診則進行以下檢查。
3.肛門直腸測壓法
