1、使土壤養分的有效性降低。
土壤中磷的有效性明顯受酸堿性的影響，
在pH值超過7.5或低于6時，磷酸和鈣或鐵、鋁形成遲效態，使有效性降低。
鈣、鎂和鉀在酸性土壤中易代換也易淋失。
鈣、鎂在強堿性土壤中溶解度低，有效性降低。
硼、錳、銅等微量元素在堿性土壤中有效性大大降低
鉬在強酸性土壤中與游離鐵、鋁生成的沉淀，可降低有效性。
2、不利于土壤的良性發育，破壞土壤結構
強酸性土壤和強堿性土壤中H+和Na+較多，缺少Ca2+，難以形成良好的土壤結構，不利于作物生長。
3、不利土壤微生物的活動。
土壤微生物一般最適宜的pH值是6.5-7.5之間的中性范圍。過酸或過堿都會嚴重抑制土壤微生物的活動，從而影響氮素及其他養分的轉化和供應。
4、不利于作物的生長發育。
一般作物在中性或近中性土壤生長最適宜。甜菜、紫苜蓿、紅三葉不適宜酸性土；茶葉要求強酸性和酸性土，中性土壤不適宜生長。