吸入空氣中的塵粒、細菌等異物進入肺泡和肺間質，多被巨噬細胞吞噬清除，故細胞胞質內常見塵粒、次級溶酶體及吞噬體等。胞質內含大量塵粒的肺巨噬細胞又稱塵細胞（dust cell）。肺巨噬細胞還可吞噬衰老的紅細胞，在心力衰竭患者出現肺瘀血時，大量紅細胞從毛細血管溢出，被巨噬細胞吞噬，胞質內含許多血紅蛋白的分解產物含鐵血黃素顆粒，此種肺巨噬細胞又稱心力衰竭細胞（heart failure cell）。吞噬異物的巨噬細胞，有的從肺泡腔經呼吸道粘液流動和纖毛運動而被咳出，有的進入肺淋巴管隨淋巴進入肺淋巴結內。