染色（免疫熒光）
10. 晾干切片，使用免疫組化筆標出類器官切片的部分。
11. 使用適合的封閉緩沖液在室溫封閉1小時（或按照常用的封閉方法進行封閉）。
12. 加一抗，室溫孵育2小時，或在4度孵育過夜。
13. 用PBS清洗2次，每次2分鐘。
14. 加二抗，室溫孵育1小時。避光。
15. 用PBS清洗兩遍，用dH2O清洗一遍。每次2分鐘，晾干。
16. 在每個切片上加一滴含DAPI的ProLong? Gold防猝滅封固劑，輕輕覆蓋一片蓋玻片。用一個200 μL槍頭輕壓蓋玻片，壓出氣泡。靜置10-15分鐘。
17. 使用透明的指甲油封上載玻片，晾干15分鐘。
18. 使用熒光顯微鏡觀察。
染色（H&E）
19. 把類器官部分放在haematoxylin里5分鐘，然后使用自來水清洗1分鐘 。
20. 對類器官切片進行染色（如蘇木精染色），可以用碳酸鋰或“Scott’s tap water” 染色1分鐘，然后用自來水清洗一分鐘。
21. 將切片放在1% acid alcohol里30秒，用自來水清洗1分鐘。
22. 把切片放入eosin（伊紅）內染色5分鐘，用自來水請洗1分鐘。
23. 脫水：使用95% 乙醇脫水10分鐘×2。使用100% 乙醇脫水3分鐘×2。使用二甲苯脫水5分鐘×3。
24. 使用封固劑將切片固定，用指甲油密封。
染色（阿爾新藍）
a) 3% 醋酸溶液：冰醋酸 3 mL，dH2O 97 mL
b) 阿爾新藍溶液（Alcian Blue solution） pH 2.5：dH2O 97 mL，3% 醋酸溶液 3 mL，阿爾新藍 （Alcian Blue）1 g，使用蒸餾水溶解染料，加酸攪勻。用醋酸溶液來調整pH，過濾*。避光保存。
*使用阿爾新藍溶液（Alcian Blue） 前一定要過濾
c) 0.1% 核固紅
25. 將切片放入3% 醋酸溶液3分鐘（用來當媒染劑）。
26. 使用過濾后的阿爾新藍溶液（Alcian Blue） pH 2.5室溫染色30分鐘。
27. 使用自來水清洗2分鐘。
28. 用蒸餾水沖洗。
29. 使用0.1% 核固紅復染2到5分鐘。
30. 用自來水沖洗2分鐘。
31. 使用二甲苯脫水，清洗
70% 乙醇 - 2分鐘
95% 乙醇 - 2分鐘×2
100% 乙醇 - 2分鐘×2
二甲苯 - 3分鐘×2
32. 使用合成永久性封固劑固定切片。這個步驟需在通風柜內完成。固定前，把切片置于二甲苯中。保持濕潤。切片上有二甲苯有利于封固劑的固定。
注意：使用不同pH的阿爾新藍（ Alcian Blue）可檢測更酸性或更硫酸化粘蛋白（sulfated mucins）。但若要檢測這些蛋白，需使用不同的酸進行溶解。
阿爾新藍（Alcian Blue）pH 1.0：使用90 mL的蒸餾水里和10 mL的1N鹽酸（hydrochloric acid）溶解1g的阿爾新藍（Alcian Blue）。
配制1N鹽酸：蒸餾水 915 mL，濃鹽酸（concentrated hydrochloric acid) 85 mL
阿爾新藍 （Alcian Blue） pH 0.2：使用100 mL的10% 硫酸（sulphuric acid）溶解把1 g的阿爾新藍（Alcian Blue）
配制10% 硫酸溶液：蒸餾水 90 mL，濃硫酸 10 mL
當使用強酸染料溶液時，將復染核固紅之前的清洗改為排酸并用紙吸干。