作大便培養檢查的意義在于糞便是否以大腸桿菌為主，否則為菌群失調。在菌群失調狀況下應準確和盡快檢測出主要致病菌是什么，及早期使用抗生素，調整菌群。糞便中主要致病菌并導致的疾病有：
（1）沙門氏菌屬可導致傷寒病；
（2）志賀氏菌屬可導致痢疾病；
（3）大腸桿菌O157菌可導致出血性腸炎；
（4）霍亂弧菌可導致霍亂病；
（5）金黃色葡萄球菌可導致化膿性腸炎；
（6）變形桿菌等可導致急性腸炎；
（7）白色念珠菌等可反映出抗生素使用過量，應盡快停止使用抗生素。
由此可見，糞便檢查培養的臨床意義很大，它直接反應了人體消化系統的各器官功能，及一些傳染病的爆發源。