經典的減毒活疫苗和滅活疫苗是細菌疫苗研究的基礎，但是這類疫苗成分復雜，存在可能能引起免疫副反應的物質，其安全性及有效性都有待進一步提高。隨著科技的進步，人們對各致病菌具體免疫組分的認識不斷深入，組分疫苗的研制因此興起并迅速成為細菌疫苗領域的研究熱點。
目前，組分疫苗種類繁多，就其實質而言，可以劃分為以多糖為基礎的組分疫苗和以蛋白質為基礎的組分疫苗，但目前市面上使用的主要是以多糖為基礎的組分疫苗。1974年批準生產的A群流腦多糖疫苗是第一個細菌組分疫苗。
1977年肺炎鏈球（Streptococcus pneumonia, S.pn）14價多糖疫苗投入生產，1983年WHO專家建議用新研制成功的肺炎鏈球菌23價多糖疫苗代替14價多糖疫苗，該疫苗對所覆蓋血清型的S.pn感染具有一定的保護作用，但是由于S.pn多糖莢膜分子量小，屬于非T細胞依耐性抗原，對免疫系統發育不完善的2歲以下小兒保護性弱，故存在一定不足。在這一時期，人們發現多糖及蛋白質的結合會激發T細胞免疫來幫助剛出生的小動物產生免疫性，這一偉大發現打開了研發多糖蛋白結合疫苗的大門。依據多糖蛋白結合技術研發出的以破傷風類毒素為載體的b型流感嗜血桿菌多糖蛋白結合疫苗(PRP-T)對所有b型流感嗜血桿菌（Haemophilus influenzae type b ,Hib）侵襲性疾病的預防效果達95%，對Hib肺炎的預防效果甚至達到了100%。
目前，肺炎鏈球菌莢膜多糖-CRM197疫苗、A群及C群流腦莢膜多糖蛋白結合疫苗已在臨床上廣泛應用。許多細菌在生長過程中產生大量蛋白質，其中某些蛋白質在細菌的黏附、侵襲過程中發揮重要的作用。絕大多數的蛋白質抗原屬于T細胞依賴（TD）抗原，含有T細胞和B細胞表位，能刺激機體產生體液和細胞免疫，具有免疫記憶功能。隨著蛋白質組學和基因組學技術的進步，大量的蛋白質和其編碼基因被篩選出來，蛋白組分疫苗由此成為細菌疫苗的新的研究方向。1982年，Valenzuela將乙型肝炎病毒表面抗原基因片段重組到釀酒酵母中，重組后的酵母成功表達乙型肝炎病毒表面抗原（HBsAg）。這一突破性的技術為研制蛋白疫苗奠定了基礎。
1986年9月，默克公司生產的重組酵母乙肝疫苗獲得美國FDA的批準成功上市，這是第一個也是目前使用最成功的蛋白疫苗。
1998年12月，葛蘭素史克公司開發的重組伯氏疏螺旋體表面蛋白A(OspA)疫苗得到美國FDA的批準上市。
目前，霍亂弧菌、傷寒桿菌、痢疾桿菌的蛋白疫苗的開發已進入動物實驗階段，幽門螺桿菌的蛋白疫苗已進入III期臨床實驗階段。相信在不久的將來會有不少細菌的蛋白疫苗問世。