單鏈DNA
單鏈DNA（single－stranded DNA）大部分DNA以雙螺旋結構存在，但一經熱或堿處理就會變為單鏈狀態。單鏈DNA就是指以這種狀態存在的DNA。單鏈DNA在分子流體力學性質、吸收光譜、堿基反應性質等方面都和雙鏈DNA不同。某些噬菌體粒子內含有單鏈環狀的DNA，這樣的噬菌體DNA在細胞內增殖時則形成雙鏈DNA。
閉環DNA
閉環DNA（closed circular DNA）沒有斷口的雙鏈環狀DNA，亦稱為超螺旋DNA。由于具有螺旋結構的雙鏈各自閉合，結果使整個DNA分子進一步旋曲而形成三級結構。另外如果一條或二條鏈的不同部位上產生一個斷口，就會成為無旋曲的開環DNA分子。從細胞中提取出來的質粒或病毒DNA都含有閉環和開環這二種分子。可根據兩者與色素結合能力的不同，而將兩者分離開來。
垃圾DNA
垃圾DNA（Junk DNA）是指生物體內不翻譯成蛋白質的DNA，過去多認為它們無用，所以稱為垃圾DNA 。后來，科學家發現垃圾DNA中包含有重要的調節機制，從而能夠控制基礎的生物化學反應和發育進程，這將幫助生物進化出更為復雜的機體。生物越復雜，垃圾DNA似乎就越重要。