細菌和病毒同屬于微生物，只有在顯微鏡下才能看到。但兩者是截然不同的東西。
病毒是一類個體微小，無完整細胞結構，由蛋白質和核酸組成，必須在活細胞內寄生并復制的非細胞型微生物。
細菌和病毒均屬于微生物。在一定的環境條件下，細菌和病毒都可以在人體中增殖，并可能導致疾病發生。細菌較大，用普通光學顯微鏡就可看到，它們的生長條件也不高。病毒則比較小，一般要用放大倍數超過萬倍的電子顯微鏡才能看到。病毒沒有自己的生長代謝系統，它的生存靠寄生在宿主（如人）和細胞中依賴他人的代謝系統。也是因為如此，目前抗病毒的特殊藥物不多。有一點值得指出的是，在人們身體的許多部位都有細菌的增殖。醫學上稱之為正常菌群，它們與我們和平相處，互惠互利。而在任何情況下從機體中發現病毒都非正常狀況。因為只有侵入我們的活組織細胞中這些病毒才能存活。
病毒與細菌不同之處是，病毒沒有細胞結構，可以說是最低等的生物，但是它的能耐可不小，人類的疾病從小的感冒到大的癌癥都和它有關系。細菌是和植物一樣，有細胞壁，而人的細胞是沒有細胞壁的，這就是很多抗生素殺菌的原理。比如破壞它的細胞壁或者阻止合成細胞壁，細菌就死掉了，而人沒有這個結構，所以對人無影響。
病毒：構造很簡單，外面是一層蛋白質，稱為病毒外殼。蛋白質外殼內部包裹著病毒的遺傳物質，可以是DNA，也可以是RNA。病毒自己不能完成新陳代謝，也不能完成繁殖，需要寄生在其它細胞內完成。病毒和細菌的絕大部分是對人類沒有害的，有害的只是很小的一部分。
病毒和細菌可以通過結膜到達血液中，說明它能夠抵抗溶菌酶的消化降解。細菌和病毒共有的生物元素是C、H、O、N、P。細菌一般可在特定培養基上培養，而病毒一般不能。