細菌是許多疾病的病原體，可以通過各種方式，如接觸、消化道、呼吸道、昆蟲叮咬等在正常人體間傳播疾病，具有較強的傳染性，對社會危害極大。在植物中，細菌導致葉斑病、火疫病和萎蔫。
致病性
細菌對寄主的侵犯，包括細菌吸附于體表，侵入組織或細胞，生長繁殖，產生毒素，乃至擴散蔓延以及抗拒寄主的一系列防御機能，造成機體損傷。
（1）吸附：細菌能以它表面的特殊成分和結構附著于寄主體表或各器官的上皮粘膜，如大腸桿菌的某些菌株借其表面抗原（K88）吸附于腸上皮，淋球菌借其表面絲狀突出物吸附于尿道上皮，化膿性鏈球菌借其表面特異性M蛋白吸附于咽部粘膜等。
（2）侵入機體：
1．細菌在表面生長繁殖，釋放毒素，毒素進入人體，如破傷風、白喉等。
2．有些細菌在吸附后，細胞膜上形成裂隙，細菌進入細胞內繁殖產生毒素，使細胞死亡，如痢疾桿菌和沙門氏桿菌。
3．另有些細菌，通過粘膜上皮細胞進入皮下組織，并進一步擴散如鏈球菌所致丹毒及蜂窩組織炎等。
（3）在體內繁殖：細菌在體內繁殖，要求適合它生長的營養條件和抵抗寄主的能力，如變形桿菌，由于具有尿素酶，能利用尿素生長，并產生氨損傷組織，所以比其他細菌引起更為嚴重的腎盂腎炎。又如布氏桿菌能在胎型絨毛膜和羊水中大量生長，造成流產，因為胚胎組織中有豐富的赤癬醇是布氏桿菌生長的刺激素。
（4）擴散：某些細菌能產生可溶性物質，分解結締組織基質中的透明質酸，造成皮下擴散，如化膿性鏈球菌。另外有些細菌如布氏桿菌、鼠疫桿菌，在淋巴結內不被清除，反而能生長繁殖，通過淋巴液擴散至體內其他部位。在機體抵抗力差時，局部感染的細菌可侵入血循環造成菌血癥。
對寄主防御機能的抵抗：如鏈球菌的溶血素、肺炎球菌的莢膜、金黃色葡萄球菌的凝固酶、結核桿菌的抑制和抵抗溶菌酶的作用，有些致病菌還能產生某些物質殺傷吞噬細胞等，這些均能使細菌在機體內存活而致病。
（5）毒素：有外毒素和內毒素兩類，肉毒桿菌的肉毒素和葡萄球菌的腸毒素即是外毒素（在體外產生）。還有在傳染病中起主要作用或起部分致病作用的如白喉、破傷風的毒素以及鏈球菌的紅斑毒素等。引起腸道感染的細菌，可產生一些毒素激活腺苷酸環化酶使cAMP增加，腸道分泌增多而致腹瀉。內毒素是和革蘭氏陰性細菌細胞壁相關的磷脂多糖蛋白質，大分子復合物，脂多糖是其主要成分，內毒素可以引起微循環灌注不足，休克、彌漫性毛細血管內凝血和施瓦茨曼氏反應（局部皮膚反應）等。