根據流行病史、癥狀、體征及實驗室檢查結果，可初步作出診斷，病原學檢查可確診。可分為疑似病例、臨床診斷病例、確診病例三類。
疑似病例：疑似病例，具有腹瀉，膿血便、或黏液便、或水樣便、或稀便，伴有急后重癥狀，難以確定其他原因腹瀉者。
臨床診斷病例：有不潔飲食或與菌痢患者接觸史，出現腹瀉、腹痛、里急后重、發熱、膿血便等臨床癥狀，糞便常規檢查白細胞或膿細胞≥15/HPF（400倍），并除外其他原因引起的腹瀉。
確診病例：臨床診斷病例的糞便培養志賀菌屬陽性。
