1.絕對禁忌證
嚴重心肺功能不全、休克、腹主動脈瘤、急性腹膜炎、腸穿孔等。
2.相對禁忌證
（1）妊娠、腹腔內廣泛粘連及各種原因導致腸腔狹窄者、慢性盆腔炎、肝硬化腹水、腸系膜炎癥、腸管高度異常屈曲及癌腫晚期伴有腹腔內廣泛轉移者等，如果必須檢查時，由有經驗的術者小心進行；
（2）重癥潰瘍性結腸炎，多發性結腸憩室患者應看清腸腔進鏡，勿用滑進方式推進結腸鏡；
（3）曾做腹腔尤其盆腔手術、曾患腹膜炎以及有腹腔放療史者進鏡時宜緩慢。輕柔，發生劇痛則應終止檢查，以防腸壁撕裂、穿孔；
（4）體弱、高齡病例，以及有嚴重的心腦血管疾病、對檢查不能耐受者，檢查時必須慎重；
（5）肛門、直腸有嚴重化膿性炎癥或疼痛性病灶、對檢查不能耐受者，檢查時必須慎重；
（6）小兒及精神病或不能合作者不宜施行檢查，必要時可在全麻下施行；
（7）婦女月經期一般不宜做檢查。