1、MRSA的治療
MRSA感染的治療是臨床十分棘手的難題之一，關鍵是其對許多抗生素有多重耐藥。因其耐藥機制是PBPs（青霉素結合蛋白）性質的改變，因此，MRSA幾乎對所有的β-內酰胺類抗生素耐藥，且在同時，還可能對大環內酯類抗生素、氨基糖苷類抗生素等多種抗菌藥物表現出耐藥性。最常用，也是療效最肯定的抗生素為萬古霉素、去甲萬古霉素、替考拉寧等。其次，對于以上藥物有禁忌癥，或是不可耐受的患者，也可使用其他的抗菌藥物，如夫西地酸鈉。而在某些國家和地區，也可使用頭孢吡普、替加環素、利奈唑胺、達托霉素等，均有較好的療效。
2、MRSA預防
首先是合理使用抗生素。臨床濫用抗生素的現象，對MRSA的流行起了一定的擴散作用，因此，在選擇抗生素時應慎重，以免產生MRSA菌株，如對大手術后預防深部葡萄球菌感染，使用第一代和第二代頭孢菌素為好(如頭孢唑啉、頭孢呋肟等)，第三代頭孢菌素抗葡萄球菌效果反而不如第一代效果好。第三代頭孢菌素的長期使用與MRSA的出現率呈平行關系。
3、早期檢出帶菌者
醫院應加強對新入院及MRSA易感者的檢查，尤其是燒傷病區、ICU、呼吸病房、血液科和小兒科的病人。同時細菌室應選用準確的檢測手段，發現MRSA，及時向臨床報告，以便控制感染和隔離治療。
4、加強消毒制度
醫護人員檢查病人前后要嚴格洗手消毒，有條件應用一次性口罩、帽子、手套，醫療用品要固定，以防院內交叉感染。